Проверка на удаление пакетов выполняется при любом обновлении системы

pym/builder/utils/cl_builder_update.py

@@ -241,8 +241,6 @@ class ClBuilderUpdateAction(Action):
              {'name': 'update_depclean',
               'message': __("Calculating dependencies"),
               'method': 'Builder.depclean()',
-              'condition': need_depclean('.*', EmergeMark.Depclean),
-              'decoration': 'Builder.update_task("%s")' % EmergeMark.Depclean
               },
          ]
         },