gentoo-overlay/sci-biology/amap/files/amap-2.2-makefile.patch

Respect {CXX,LD}FLAGS

http://bugs.gentoo.org/332009

--- amap-align/align/Makefile
+++ amap-align/align/Makefile
@@ -15,6 +15,8 @@
 #    c) RELEASE mode
 ################################################################################
 
+OPT_CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -funroll-loops
+
 OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=1 -DVERSION='"AMAP.2.2"'
 
 # debug mode    
@@ -26,8 +28,7 @@
 
 # release mode
 #CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer 
-CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
-
+CXXFLAGS = $(OPT_CXXFLAGS) -DNDEBUG $(OTHERFLAGS)
 ################################################################################
 # 3) Dependencies
 ################################################################################
 
@@ -38,7 +37,7 @@
 all : $(TARGETS)
 
 amap : MultiSequenceDag.h MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Amap.cc
-	$(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o amap Amap.cc 
+	$(CXX) $(LDFLAGS) $(CXXFLAGS) -o amap Amap.cc -lm
 
 .PHONY : clean
 clean: