gentoo-overlay/sci-biology/phrap/files/phrap-1.080812-fix-build-system.patch

* Fix perl shebang to be portable
* Make build system honour LDFLAGS

--- a/makefile
+++ b/makefile
@@ -25,9 +25,8 @@
 # Makefile for swat, phrap, cross_match, phrapview; also swprobs (currently inactivated)
 #CC= icc
 #CFLAGS= -O2 -wd266,880
-CC= cc
-CFLAGS= -O2
-LFLAGS= -lm
+CC ?= cc
+LIBS = -lm
 
 SWATOBJS= swat.o weibull.o
 
@@ -96,46 +95,46 @@
 	chmod a+x phrapview
 
 swat: makefile $(SWATOBJS) $(SWOBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(SWATOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(SWATOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
 	chmod o-r swat
 
 alpha_swat: makefile $(ALPHOBJS) $(SWOBJS) 
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(ALPHOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS) 
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(ALPHOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS) 
 	chmod o-r alpha_swat
 
 swat_counts: makefile $(COUNOBJS) $(SWOBJS) 
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(COUNOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS) 
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(COUNOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS) 
 	chmod o-r swat_counts
 
 swprobs: makefile $(PROBOBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(PROBOBJS) $(LFLAGS)
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(PROBOBJS) $(LIBS)
 
 phrap: makefile phrap.o call_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ phrap.o call_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ phrap.o call_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
 	chmod o-r phrap
 
 gcphrap: makefile gcphrap.o gccall_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ gcphrap.o gccall_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LFLAGS)
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ gcphrap.o gccall_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LIBS)
 	chmod o-r gcphrap
 
 cross_match: makefile cross_match.o call_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ cross_match.o call_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ cross_match.o call_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
 	chmod o-r cross_match
 
 gccross_match: makefile gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LFLAGS)
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LIBS)
 	chmod o-r gccross_match
 
 cluster: makefile $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
 	chmod o-r cluster
 
 loco: makefile $(LOCOOBJS) $(SWOBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(LOCOOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(LOCOOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
 	chmod o-r loco
 
 erf_test: $(ERFOBJS)
-	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(ERFOBJS) $(LFLAGS)
+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(ERFOBJS) $(LIBS)
 
 loco.o: swat.h
 
@@ -228,7 +227,7 @@
 anomalies.o: swat.h 
 
 fast_smith_wat.s: fast_smith_wat.c
-	cc -S -machine_code -source_listing -O3 fast_smith_wat.c
+	$(CC) $(CFLAGS) -S -machine_code -source_listing fast_smith_wat.c
 #N.B. fast_smith_wat.s MUST BE EDITTED BEFORE USE!!!
 
 tig_node.o: swat.h
--- a/phrapview
+++ b/phrapview
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/perl -w
+#!/usr/bin/env perl
 
 
 #/*****************************************************************************
@@ -25,6 +25,7 @@
 #                                                                         
 #*****************************************************************************/
 
+use warnings;
 use strict;
 use Tk;
 #phrapview version 0.960731